Der Orden hat eine streng hierarchische Struktur, an deren Spitze der Kardinal-Großmeister steht, der direkt vom Heiligen Vater ernannt wird, um den Orden zu verwalten und zu leiten. Pius XII. bestimmte 1949, dass der Großmeister des Ordens ein Kardinal sein muss und vertraute dem Patriarch von Jerusalem das Vorrecht des Großpriors an. Derzeit füllt Kardinal Fernando Filoni diese bedeutende Rolle an der Spitze des Ordens aus.
Das Großmagisterium ist ein Organ, das vom Kardinal-Großmeister einberufen und geleitet wird, das ihn bei der Leitung und der Verwaltung des Ordens unterstützt und mit ihm zusammenarbeitet. Es kommt zwei Mal pro Jahr zusammen und hat zur Aufgabe, die Aktivitäten des Ordens in den verschiedenen Ländern vorzubereiten und zu planen, in denen der Orden vertreten ist, und zwar insbesondere im Heiligen Land. Außer den Bilanzen der gesamten Institution billigt es auch die besonderen Solidaritätsprojekte, die der Orden jedes Jahr im Heiligen Land erfolgreich durchführt.
